В най-новата си практика Върховният административен съд приема, че Басейнова дирекция не може да откаже да продължи разрешително за водовземане, основавайки се само на факта, че ВЕЦ попада в зона за защита, която фигурира единствено в Списък на защитените зони. Трябва да е приета заповед за определяне границите на защитената зона по чл. 12 от Закона за биологичното разнообразие. При липсата на такава заповед не са определени целите на зоната, местообитанието и видовете, предмет на опазване, както и границите на зоната.
Върховният административен съд приема също, че при преценка доколко инвестиционното намерение противоречи на забраните в ПУРБ, Басейнова дирекция следва да зачете решенията за изменение и продължаване на разрешителните за водовземане и решенията за преценка на необходимостта да се извърши оценка на въздействието върху околната среда, които представляват стабилни административни актове и при издаването на които е направена оценка за съответствие с ПУРБ.
